Inventarisatie en Harmonisatie van Biobanken voor Genetisch Onderzoek binnen de Nierziekten

Dr. Marion Verduijn, dr. Els Boeschoten

De rol van genetische factoren in het ontstaan en de progressie van chronische nierziekten, als ook de invloed van deze factoren op het verloop van de (niervervangende) behandeling vormen een belangrijk thema in het wetenschappelijk onderzoek. Omdat het menselijk genoom groot is (~ 30.000 genen), het aantal mogelijke variaties in het DNA (polymorfismen) enorm, en studiepopulaties doorgaans klein zijn (<1000 patiënten), is de kans echter aanzienlijk dat de relatie tussen een polymorfisme en een uitkomst (bv mortaliteit) die in een studiepopulatie gevonden wordt toevalsbevinding is. Om deze reden is het herhalen (repliceren) van bevindingen in een onafhankelijke studiepopulatie een noodzakelijk onderdeel geworden van genetische studies.

GENECURE is een acroniem voor GENomic StratEgies for Treatment and Prevention of Cardiovascular Death in Uraemia and End-stage REnal Disease, en richt zich op de ontwikkeling van een infrastructuur voor gezamenlijk genetisch onderzoek. Het project wordt gefinancierd door de Europese Commissie (2007-2009), en bestaat uit een consortium van negen universitair medische centra en (onderzoeks)instituten verspreid over Europa, waaronder het Hans Mak Instituut; meer informatie over dit project is te vinden op de projectwebsite: www.genecure.eu.

In het kader van het GENECURE project werkt het Hans Mak Instituut samen met de afdeling Klinische Epidemiologie van het Leids Universitair Medisch Centrum aan de ontwikkeling van een online catalogus van bestaande studiepopulaties waarin van de patiënten DNA verzameld is (biobanken), om onderzoekers te ondersteunen in het vinden van een geschikte onderzoekspopulatie voor replicatiestudies. Ook is er een samenwerkingsverband met het Patient Population Project in Genomics (P3G) dat een soortgelijk initiatief heeft ondernomen voor biobanken van algemene populatiestudies.

In de catalogus worden biobanken die beschikbaar zijn binnen de nierziekten beschreven in termen van onder andere het primaire onderzoeksdoel, studiedesign, het soort patiëntenpopulatie (predialyse/dialyse/transplantatie), het aantal geïncludeerde patiënten en hoeveelheid beschikbaar DNA materiaal. Verder wordt een overzicht gegeven van de belangrijkste verzamelde variabelen die het fenotype van de patiënt beschrijven. De catalogus zal beschikbaar gemaakt worden via de projectwebsite van GENECURE, en faciliteiten bevatten om aan de hand van relevante criteria geschikte biobanken te vinden voor replicatiestudies. Eén van de criteria is het detailniveau waarop het fenotype van de patiënten in de biobanken is vastgelegd.

Een tiental biobanken dat beschikbaar is in het GENECURE consortium vormt de basis van de ontwikkeling van de catalogus. Een vergelijking van de karakteristieken van deze set van biobanken laat reeds opmerkelijke verschillen zien in bijvoorbeeld studiedesign, gebruikte in- en exclusiecriteria, en de verzamelde fenotypische gegevens (definities en categorieën). Omdat deze verschillen mogelijke oorzaken kunnen zijn voor het falen van replicatiestudies, wordt met het oog op nieuwe biobanken een voorstel ontwikkeld van te verzamelen fenotypische gegevens, inclusief definities en wijze van vastleggen (de Renal DataSHaPER) om harmonisatie van biobanken te bevorderen, alsmede de kwaliteit van het toekomstig genetisch onderzoek binnen de nierziekten te borgen.